Il ddl è stato studiato dal centrodestra per dare l'immunità al presidente del Consiglio, che è l'altra carica protetta, in particolare a Silvio Berlusconi, imputato in tre processi a Milano.
In una lettera a Carlo Vizzini, relatore del ddl e presidente della commissione Affari costituzionali del Senato, Napolitano ha scritto che "nell'imminenza della conclusione dell'esame referente, ritengo di dover esprimere profonde perplessità sulla conferma da parte della commissione della scelta d'innovare la normativa vigente prevedendo che la sospensione dei processi penali riguardi anche il presidente della Repubblica".
Il ddl, ora all'esame della commissione del Senato, dice che la decisione se sospendere o meno un processo penale contro il capo dello Stato sia presa dal Parlamento in seduta comune e a maggioranza semplice.
Per Napolitano questa norma, introducendo un controllo politico delle Camere, riduce l'indipendenza del Quirinale, in contrasto con la Costituzione.
"Non posso peraltro fare a meno di rilevare che la decisione assunta dalla commissione da lei presieduta incide, al di là della mia persona, sullo status complessivo del presidente della Repubblica riducendone l'indipendenza nell'esercizio delle sue funzioni".
Il capo dello Stato sostiene che la norma che lo riguarda confligge con l'articolo 90 della Costituzione, secondo cui il Parlamento - in seduta comune e maggioranza assoluta - può mettere in stato d'accusa il presidente della Repubblica soltanto per alto tradimento o per attentato alla Costituzione.