Inaugurato nel 2001 in una serie di spazi dell'antico ospedale Tommaso di Canterbury e della vecchia Pescheria, sono inutilizzati dal dopoguerra e divenuti elementi di forte degrado nello spazio urbano di Piazza del Plebiscito. Il progetto di ampliamento ha avuto un lungo iter di formazione dovuto ai tempi di acquisizione dei pareri delle Soprintendenza ai Beni architettonici e ai Beni archeologici, coordinate dalla Direzione regionale del ministero dei Beni culturali. Il parere dalla prima era infatti subordinato al completamento della campagna di scavo archeologico che a sua volta poteva proseguire solo dopo avere messo in sicurezza le strutture e gli edifici a monte dello scavo. Le fasi dell'intervento previste sono due: la prima prevede il consolidamento degli ambienti e dei resti degli antichi edifici e la realizzazione di opere di sostegno e fondamenta; la seconda la realizzazione di strutture in elevazione, finiture e impianti. Il totale generale del progetto di ampliamento del Museo è pari a circa 1.684.000 euro.
